Cumprido com sucesso a instituição do Governo-Geral em 1549 na recém fundada Salvador, Tomé de Souza — acompanhado, dentre tantos outros, pelo Padre Manoel da Nóbrega — ruma em direção às capitanias meridionais a fim unir, sob indivisa estrutura reinol, as terras e gentes submissas à coroa ultramar. Esse périplo, se ordinário e quase tautológico em seus objetivos — sobretudo quando contrastado com a instituição das capitanias ainda em 1534 —, mostra-se invulgar quando analisado diante do quadro que se delineou quando do seu aporte em São Vicente. Se nas demais capitanias os homens apenas vivem de arranhar as franjas litorâneas, é nesta capitania — e excedendo parcialmente, por isso, atribuições expressas da Coroa — que a dilatação povoadora terra adentro se processa. Mais que isso, sem embargos dos Governadores-Gerais — por exemplo, funda-se sob tutela jesuítica, em 1554, no planalto de Piratininga, o Colégio São Paulo.
Se os padrões ancestrais da experiência colonizadora portuguesa foram parcial e excepcionalmente derrogados em São Vicente para permitir o acesso ao sertão — o que fragiliza o contraste artificial e anacrônico entre as denominadas colônias de povoamento e exploração, indicando complexidades adicionais que enriquecem e iluminam os primeiros anos da nossa formação —, é inegável que suas consequências imediatas deitassem raízes profundas na consciência coletiva dessa população. Ao mesmo tempo em que o bandeirantismo corresponde em terra ao ímpeto marítimo da descoberta — sendo, por isso mesmo, a continuidade espiritual daquele — ele descortina novos rumos à economia colonial: a prospecção do solo e minas auríferas. O intento de centralizar em Salvador a estrutura administrativa da América portuguesa, por isso mesmo, é apenas parcialmente alcançado: se por um lado as capitanias agem com relativa independência do centro burocrático, por outro as autoridades locais se socorrem diretamente à Coroa de Lisboa em desfavor do Governador-Geral aqui sediado.